독일 동부 저지(低地)에 있다. 슈프레강(江)이 구불구불하게 시가지를 관통하며 시가지 서부에서 하펠강과 합류한다. 뮈겔베르크산(115m), 셰퍼베르크산(103m), 하펠베르크산(97m), 크로이츠베르크산(66m)은 모두 말단퇴석(末端堆石)의 사력구(砂礫丘)이다.
넓은 숲과 많은 호수를 안고 있어 ‘베를리너 루프트(베를린의 공기)’라고 노래로 부를 정도로 공기가 맑다. 북위 52.5°에 있어 겨울은 몹시 춥고, 여름도 서늘하다. 하펠강은 엘베강에 흘러들어 북해와 연결되고, 오데르-슈프레 운하에 의해 발트해(海)와도 연결되어, 제2차 세계대전 전에는 1,000t 급의 화물선이 빈번히 드나들면서 독일 제3의 내륙항 구실을 하였다.